CMP-3-Deoxy-D-manno-octulosonate (ECMDB20133) (M2MDB000981)
Record Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Version | 2.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Creation Date | 2012-05-31 14:29:14 -0600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Update Date | 2015-06-03 17:19:22 -0600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary Accession Numbers |
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Identification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Name: | CMP-3-Deoxy-D-manno-octulosonate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | CMP-3-deoxy-D-manno-octulosonate is a member of the chemical class known as Pyrimidine Nucleotide Sugars. These are pyrimidine nucleotides bound to a saccharide derivative through the terminal phosphate group. CMP KDO is involved in the biosynthesis of lipopolysaccharides. CKS is a pharmaceutical target because CMP-KDO is used in the biosynthesis of lipopolysaccharides that are vital for Gram-negative bacteria. (PMID 11545592) E. coli KdtA (EcKdtA) is a bifunctional enzyme that transfers two KDO units from two CMP-KDO molecules to lipid IV(A). (PMID 20394418) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms: |
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Chemical Formula: | C17H26N3O15P | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Weight: | Average: 543.3732 Monoisotopic: 543.110153689 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InChI Key: | YWWJKULNWGRYAS-XKKDATLGSA-N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InChI: | InChI=1S/C17H26N3O15P/c18-9-1-2-20(16(29)19-9)14-12(26)11(25)8(33-14)5-32-36(30,31)35-17(15(27)28)3-6(22)10(24)13(34-17)7(23)4-21/h1-2,6-8,10-14,21-26H,3-5H2,(H,27,28)(H,30,31)(H2,18,19,29)/t6-,7-,8-,10-,11-,12-,13-,14-,17+/m1/s1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CAS number: | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IUPAC Name: | (2S,4R,5R,6R)-2-[({[(2R,3S,4R,5R)-5-(4-amino-2-oxo-1,2-dihydropyrimidin-1-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl)oxy]-6-[(1R)-1,2-dihydroxyethyl]-4,5-dihydroxyoxane-2-carboxylic acid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Traditional IUPAC Name: | (2S,4R,5R,6R)-2-({[(2R,3S,4R,5R)-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy(hydroxy)phosphoryl}oxy)-6-[(1R)-1,2-dihydroxyethyl]-4,5-dihydroxyoxane-2-carboxylic acid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMILES: | [H][C@@](O)(CO)[C@@]1([H])O[C@@](C[C@@]([H])(O)[C@@]1([H])O)(OP(O)(=O)OC[C@@]1([H])O[C@@]([H])(N2C=CC(=N)N=C2O)[C@]([H])(O)[C@]1([H])O)C(O)=O | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemical Taxonomy | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | belongs to the class of organic compounds known as 1,2-diols. These are polyols containing an alcohol group at two adjacent positions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kingdom | Organic compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Super Class | Organic oxygen compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Class | Organooxygen compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sub Class | Alcohols and polyols | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Direct Parent | 1,2-diols | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alternative Parents | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Substituents |
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Molecular Framework | Aliphatic homomonocyclic compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Descriptors |
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Physical Properties | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
State: | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Charge: | -2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Melting point: | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental Properties: |
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Predicted Properties |
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Biological Properties | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cellular Locations: | Cytoplasm | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reactions: | Cytidine triphosphate + 3-Deoxy-D-manno-octulosonate <> CMP-3-Deoxy-D-manno-octulosonate + Pyrophosphate CMP-3-Deoxy-D-manno-octulosonate + Phospho-heptosyl-phospho-heptosyl-heptosyl-kdo2-lipidA > Cytidine monophosphate + Hydrogen ion + Kdo-phospho-heptosyl-phospho-heptosyl-heptosyl-kdo2-lipidA CMP-3-Deoxy-D-manno-octulosonate + 2,3,2'3'-Tetrakis(beta-hydroxymyristoyl)-D-glucosaminyl-1,6-beta-D-glucosamine 1,4'-bisphosphate > Cytidine monophosphate + Hydrogen ion + KDO-lipid IV(A) CMP-3-Deoxy-D-manno-octulosonate + KDO-lipid IV(A) > Cytidine monophosphate + Hydrogen ion + KDO(2)-lipid IV(A) 2,3,2'3'-Tetrakis(3-hydroxytetradecanoyl)-D-glucosaminyl-1,6-beta-D-glucosamine 1,4'-bisphosphate + CMP-3-Deoxy-D-manno-octulosonate + 2,3,2'3'-Tetrakis(beta-hydroxymyristoyl)-D-glucosaminyl-1,6-beta-D-glucosamine 1,4'-bisphosphate <> KDO-lipid IV(A) + Cytidine monophosphate KDO-lipid IV(A) + CMP-3-Deoxy-D-manno-octulosonate <> Di[3-deoxy-D-manno-octulosonyl]-lipid IV(A) + Cytidine monophosphate Di[3-deoxy-D-manno-octulosonyl]-lipid IV(A) + CMP-3-Deoxy-D-manno-octulosonate <> alpha-Kdo-(2->8)-alpha-Kdo-(2->4)-alpha-Kdo-(2->6)-lipid IVA + Cytidine monophosphate a lipopolysaccharide + CMP-3-Deoxy-D-manno-octulosonate KDOIII-lipopolysaccharide + Cytidine monophosphate 3-Deoxy-D-manno-octulosonate + Cytidine triphosphate > CMP-3-Deoxy-D-manno-octulosonate + Pyrophosphate CMP-3-Deoxy-D-manno-octulosonate + lipid IV<sub>A</sub> <> Hydrogen ion + KDO-lipid IV(A) + Cytidine monophosphate KDO-lipid IV(A) + CMP-3-Deoxy-D-manno-octulosonate <> Hydrogen ion + α-Kdo-(2->4)-α-Kdo-(2->6)-lipid IV<SUB>A</SUB> + Cytidine monophosphate 2,3,2'3'-Tetrakis(beta-hydroxymyristoyl)-D-glucosaminyl-1,6-beta-D-glucosamine 1,4'-bisphosphate + CMP-3-Deoxy-D-manno-octulosonate > alpha-Kdo-(2->6)-lipid IV(A) + Cytidine monophosphate Alpha-Kdo-(2->6)-lipid IV(A) + CMP-3-Deoxy-D-manno-octulosonate > alpha-Kdo-(2->4)-alpha-Kdo-(2->6)-lipid IV(A) + Cytidine monophosphate 3-deoxy-D-manno-octulosonate + Cytidine triphosphate + 3-Deoxy-D-manno-octulosonate > Pyrophosphate + CMP-3-Deoxy-D-manno-octulosonate CMP-3-Deoxy-D-manno-octulosonate + (2-N,3-O-bis(3-Hydroxytetradecanoyl)-4-O-phosphono-beta-D-glucosaminyl)-(1->6)-(2-N,3-O-bis(3-hydroxytetradecanoyl)-beta-D-glucosaminyl phosphate) > Cytidine monophosphate + Hydrogen ion + alpha-Kdo-(2→6)-lipid IVA + Cytidine monophosphate alpha-Kdo-(2→6)-lipid IVA + CMP-3-Deoxy-D-manno-octulosonate > Cytidine monophosphate + Hydrogen ion + a-Kdo-(2->4)-a-Kdo-(2->6)-lipid IVA + Cytidine monophosphate + a-Kdo-(2->4)-a-Kdo-(2->6)-lipid IVA Cytidine triphosphate + 3 3-Deoxy-D-manno-octulosonate <> CMP-3-Deoxy-D-manno-octulosonate + Pyrophosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMPDB Pathways: |
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KEGG Pathways: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EcoCyc Pathways: |
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Concentrations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Not Available | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Spectra | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Spectra: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References: |
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Synthesis Reference: | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Material Safety Data Sheet (MSDS) | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Links | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Links: |
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Enzymes
- General function:
- Involved in lipopolysaccharide biosynthetic process
- Specific function:
- Activates KDO (a required 8-carbon sugar) for incorporation into bacterial lipopolysaccharide in Gram-negative bacteria
- Gene Name:
- kdsB
- Uniprot ID:
- P04951
- Molecular weight:
- 27614
Reactions
CTP + 3-deoxy-D-manno-octulosonate = diphosphate + CMP-3-deoxy-D-manno-octulosonate. |
- General function:
- Involved in biosynthetic process
- Specific function:
- Essential step in lipopolysaccharides biosynthesis. Acts at transfer of 3-deoxy-D-mono octulonic acid (KDO) from CMP-KDO to a tetraacyldisaccharide 1,4'-bisphosphate precursor of lipid A (lipid IVA). Transfers two molecules of KDO to lipid IVA. Degraded by FtsH; therefore FtsH regulates the addition of the sugar moiety of the LPS and thus the maturation of the LPS precursor
- Gene Name:
- waaA
- Uniprot ID:
- P0AC75
- Molecular weight:
- 47291
- General function:
- Involved in lipopolysaccharide biosynthetic process
- Specific function:
- Specific function unknown
- Gene Name:
- rfaZ
- Uniprot ID:
- P27241
- Molecular weight:
- 32920