5-Amino-6-ribitylamino uracil (ECMDB04145) (M2MDB000635)
Record Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Version | 2.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Creation Date | 2012-05-31 14:06:25 -0600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Update Date | 2015-06-03 15:54:47 -0600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary Accession Numbers |
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Identification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Name: | 5-Amino-6-ribitylamino uracil | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | 5-Amino-6-ribitylamino uracil is an intermediate in riboflavin metabolism. It is converted from 5-Amino-6-(5'-phosphoribitylamino)uracil via dephosphorylation by the enzyme phosphohistidine phosphatase 1 (EC 3.1.3.-). (HMDB, KEGG) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms: |
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Chemical Formula: | C9H16N4O6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Weight: | Average: 276.2465 Monoisotopic: 276.106984264 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InChI Key: | XKQZIXVJVUPORE-UHFFFAOYSA-N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InChI: | InChI=1S/C9H16N4O6/c10-5-7(12-9(19)13-8(5)18)11-1-3(15)6(17)4(16)2-14/h3-4,6,14-17H,1-2,10H2,(H3,11,12,13,18,19) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CAS number: | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IUPAC Name: | 5-amino-6-[(2,3,4,5-tetrahydroxypentyl)amino]-1,2,3,4-tetrahydropyrimidine-2,4-dione | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Traditional IUPAC Name: | 5-amino-6-[(2,3,4,5-tetrahydroxypentyl)amino]-1,3-dihydropyrimidine-2,4-dione | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMILES: | NC1=C(NCC(O)C(O)C(O)CO)NC(=O)NC1=O | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemical Taxonomy | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | belongs to the class of organic compounds known as pentoses. These are monosaccharides in which the carbohydrate moiety contains five carbon atoms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kingdom | Organic compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Super Class | Organic oxygen compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Class | Organooxygen compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sub Class | Carbohydrates and carbohydrate conjugates | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Direct Parent | Pentoses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alternative Parents | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Substituents |
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Molecular Framework | Aromatic heteromonocyclic compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Descriptors |
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Physical Properties | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
State: | Solid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Charge: | 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Melting point: | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental Properties: |
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Predicted Properties |
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Biological Properties | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cellular Locations: | Cytoplasm | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reactions: | 2 6,7-Dimethyl-8-(1-D-ribityl)lumazine > 5-Amino-6-ribitylamino uracil + Riboflavin 5-Amino-6-ribitylamino uracil + 3,4-Dihydroxy-2-butanone-4-P > 6,7-Dimethyl-8-(1-D-ribityl)lumazine +2 Water + Phosphate 2 6,7-Dimethyl-8-(1-D-ribityl)lumazine <> Riboflavin + 5-Amino-6-ribitylamino uracil 5-Amino-6-ribitylamino uracil + 3,4-Dihydroxy-2-butanone-4-P <> 6,7-Dimethyl-8-(1-D-ribityl)lumazine +2 Water + Phosphate 5-Amino-6-(5'-phosphoribitylamino)uracil + Water + 5-Amino-6-(5'-phosphoribitylamino)uracil > Phosphate + 5-Amino-6-ribitylamino uracil 5-Amino-6-ribitylamino uracil + 1-Deoxy-L-glycero-tetrulose 4-phosphate > Water + Phosphate + Hydrogen ion + 6,7-Dimethyl-8-(1-D-ribityl)lumazine + 6,7-Dimethyl-8-(1-D-ribityl)lumazine 6,7-Dimethyl-8-(1-D-ribityl)lumazine + Hydrogen ion + 6,7-Dimethyl-8-(1-D-ribityl)lumazine > Riboflavin + 5-Amino-6-ribitylamino uracil + Riboflavin 2 6,7-Dimethyl-8-(1-D-ribityl)lumazine >5 5-Amino-6-ribitylamino uracil + Riboflavin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMPDB Pathways: |
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KEGG Pathways: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EcoCyc Pathways: | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Concentrations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Not Available | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Spectra | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Spectra: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References: |
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Synthesis Reference: | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Material Safety Data Sheet (MSDS) | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Links | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Links: |
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Enzymes
- General function:
- Involved in riboflavin synthase activity
- Specific function:
- Riboflavin synthase is a bifunctional enzyme complex catalyzing the formation of riboflavin from 5-amino-6-(1'-D)- ribityl-amino-2,4(1H,3H)-pyrimidinedione and L-3,4-dihydrohy-2- butanone-4-phosphate via 6,7-dimethyl-8-lumazine. The alpha subunit catalyzes the dismutation of 6,7-dimethyl-8-lumazine to riboflavin and 5-amino-6-(1'-D)-ribityl-amino-2,4(1H,3H)- pyrimidinedione
- Gene Name:
- ribE
- Uniprot ID:
- P0AFU8
- Molecular weight:
- 23445
Reactions
2 6,7-dimethyl-8-(1-D-ribityl)lumazine = riboflavin + 4-(1-D-ribitylamino)-5-amino-2,6-dihydroxypyrimidine. |
- General function:
- Involved in riboflavin biosynthetic process
- Specific function:
- Riboflavin synthase is a bifunctional enzyme complex catalyzing the formation of riboflavin from 5-amino-6-(1'-D)- ribityl-amino-2,4(1H,3H)-pyrimidinedione and L-3,4-dihydrohy-2- butanone-4-phosphate via 6,7-dimethyl-8-lumazine. The beta subunit catalyzes the condensation of 5-amino-6-(1'-D)-ribityl-amino- 2,4(1H,3H)-pyrimidinedione with L-3,4-dihydrohy-2-butanone-4- phosphate yielding 6,7-dimethyl-8-lumazine
- Gene Name:
- ribH
- Uniprot ID:
- P61714
- Molecular weight:
- 16156
Reactions
2 6,7-dimethyl-8-(1-D-ribityl)lumazine = riboflavin + 4-(1-D-ribitylamino)-5-amino-2,6-dihydroxypyrimidine. |
- General function:
- Involved in catalytic activity
- Specific function:
- Catalyzes the dephosphorylation of the artificial chromogenic substrate p-nitrophenyl phosphate (pNPP) and of the natural substrates FMN and beta-glucose 1-phosphate
- Gene Name:
- ybjI
- Uniprot ID:
- P75809
- Molecular weight:
- 30196
- General function:
- riboflavin biosynthetic process
- Specific function:
- Catalyzes the dephosphorylation of 5-amino-6-(5-phospho-D-ribitylamino)uracil, and thus could be involved in the riboflavin biosynthesis pathway (PubMed:24123841). Is also able to dephosphorylate flavin mononucleotide (FMN) and other phosphoric acid esters (PubMed:16990279) (PubMed:24123841). YigB is important for the formation of dormant persister cells (PubMed:18519731).
- Gene Name:
- yigB
- Uniprot ID:
- P0ADP0
- Molecular weight:
- 27121
Reactions
5-amino-6-(5-phospho-D-ribitylamino)uracil + H(2)O = 5-amino-6-(D-ribitylamino)uracil + phosphate |