Deoxyribose 1-phosphate (ECMDB01351) (M2MDB000350)
Record Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Version | 2.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Creation Date | 2012-05-31 13:50:34 -0600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Update Date | 2015-06-03 15:53:57 -0600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary Accession Numbers |
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Identification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Name: | Deoxyribose 1-phosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | Deoxyribose 1-phosphate is an intermediate in the metabolism of Pyrimidine. It is a substrate for Purine nucleoside phosphorylase and Thymidine phosphorylase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms: |
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Chemical Formula: | C5H11O7P | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Weight: | Average: 214.1104 Monoisotopic: 214.024239218 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InChI Key: | KBDKAJNTYKVSEK-PYHARJCCSA-N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InChI: | InChI=1S/C5H11O7P/c6-2-4-3(7)1-5(11-4)12-13(8,9)10/h3-7H,1-2H2,(H2,8,9,10)/t3-,4+,5?/m0/s1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CAS number: | 17210-42-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IUPAC Name: | {[(4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]oxy}phosphonic acid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Traditional IUPAC Name: | deoxyribose-1-phosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMILES: | OC[C@H]1OC(C[C@@H]1O)OP(O)(O)=O | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemical Taxonomy | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | belongs to the class of organic compounds known as pentoses. These are monosaccharides in which the carbohydrate moiety contains five carbon atoms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kingdom | Organic compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Super Class | Organic oxygen compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Class | Organooxygen compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sub Class | Carbohydrates and carbohydrate conjugates | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Direct Parent | Pentoses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alternative Parents | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Substituents |
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Molecular Framework | Aliphatic heteromonocyclic compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Descriptors |
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Physical Properties | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
State: | Solid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Charge: | -2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Melting point: | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental Properties: |
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Predicted Properties |
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Biological Properties | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cellular Locations: | Cytoplasm | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reactions: | Deoxyinosine + Phosphate <> Deoxyribose 1-phosphate + Hypoxanthine Deoxyguanosine + Phosphate <> Deoxyribose 1-phosphate + Guanine Deoxyuridine + Phosphate <> Deoxyribose 1-phosphate + Uracil Phosphate + Thymidine <> Deoxyribose 1-phosphate + Thymine Deoxyribose 1-phosphate <> Deoxyribose 5-phosphate Deoxyadenosine + Phosphate <> Deoxyribose 1-phosphate + Adenine 5-FU + Deoxyribose 1-phosphate <> 5-Fluorodeoxyuridine + Phosphate Purine nucleoside + Phosphate + Purine deoxyribonucleoside <> Purine + Ribose-1-phosphate + Deoxyribose 1-phosphate Deoxyribose 1-phosphate > Deoxyribose 5-phosphate Deoxyuridine + Phosphate > Uracil + Deoxyribose 1-phosphate Deoxyribose 1-phosphate + Thymine > Phosphate + Thymidine Deoxyadenosine + Phosphate > Adenine + Deoxyribose 1-phosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMPDB Pathways: |
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KEGG Pathways: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EcoCyc Pathways: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Concentrations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Not Available | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Spectra | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Spectra: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References: |
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Synthesis Reference: | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Material Safety Data Sheet (MSDS) | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Links | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Links: |
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Enzymes
- General function:
- Involved in transferase activity, transferring glycosyl groups
- Specific function:
- The enzymes which catalyze the reversible phosphorolysis of pyrimidine nucleosides are involved in the degradation of these compounds and in their utilization as carbon and energy sources, or in the rescue of pyrimidine bases for nucleotide synthesis
- Gene Name:
- deoA
- Uniprot ID:
- P07650
- Molecular weight:
- 47207
Reactions
Thymidine + phosphate = thymine + 2-deoxy-alpha-D-ribose 1-phosphate. |
- General function:
- Involved in catalytic activity
- Specific function:
- Phosphotransfer between the C1 and C5 carbon atoms of pentose
- Gene Name:
- deoB
- Uniprot ID:
- P0A6K6
- Molecular weight:
- 44370
Reactions
Alpha-D-ribose 1-phosphate = D-ribose 5-phosphate. |
2-deoxy-alpha-D-ribose 1-phosphate = 2-deoxy-alpha-D-ribose 5-phosphate. |
- General function:
- Involved in purine-nucleoside phosphorylase activity
- Specific function:
- Cleavage of guanosine or inosine to respective bases and sugar-1-phosphate molecules
- Gene Name:
- deoD
- Uniprot ID:
- P0ABP8
- Molecular weight:
- 25950
Reactions
Purine nucleoside + phosphate = purine + alpha-D-ribose 1-phosphate. |
- General function:
- Involved in transferase activity, transferring pentosyl groups
- Specific function:
- Catalyzes the reversible phosphorylytic cleavage of uridine and deoxyuridine to uracil and ribose- or deoxyribose-1- phosphate. The produced molecules are then utilized as carbon and energy sources or in the rescue of pyrimidine bases for nucleotide synthesis
- Gene Name:
- udp
- Uniprot ID:
- P12758
- Molecular weight:
- 27159
Reactions
Uridine + phosphate = uracil + alpha-D-ribose 1-phosphate. |
- General function:
- Involved in purine-nucleoside phosphorylase activity
- Specific function:
- The nucleoside phosphorylases catalyze the phosphorolytic breakdown of the N-glycosidic bond in the nucleoside molecule, with the formation of the corresponding free bases and pentose-1-phosphate. This protein can degrade all purine nucleosides except adenosine and deoxyadenosine
- Gene Name:
- xapA
- Uniprot ID:
- P45563
- Molecular weight:
- 29834