2,5-Diamino-6-hydroxy-4-(5-phosphoribosylamino)pyrimidine (ECMDB04052) (M2MDB000584)
Record Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Version | 2.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Creation Date | 2012-05-31 14:03:35 -0600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Update Date | 2015-06-03 15:54:41 -0600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary Accession Numbers |
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Identification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Name: | 2,5-Diamino-6-hydroxy-4-(5-phosphoribosylamino)pyrimidine | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | 2,5-Diamino-6-hydroxy-4-(5-phospho-D-ribosylamino)pyrimidine or DARP, is an intermediate in flavin biosynthesis. It is a substrate for diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase, which catalyzes the reaction 2,5-diamino-6-hydroxy-4-(5-phospho-D-ribosylamino)pyrimidine + H2O = 5-amino-6-(5-phospho-D-ribosylamino)uracil + NH3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms: |
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Chemical Formula: | C9H16N5O8P | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Weight: | Average: 353.2258 Monoisotopic: 353.073649025 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InChI Key: | CIEXRWBOBYOQGW-DOAYSINJSA-N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InChI: | InChI=1S/C9H16N5O8P/c10-1-5(13-9(11)14-6(1)17)12-7-3(16)2(15)4(22-7)8(18)23(19,20)21/h2-4,7-8,15-16,18H,10H2,(H2,19,20,21)(H4,11,12,13,14,17)/t2-,3+,4-,7?,8?/m0/s1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CAS number: | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IUPAC Name: | {[(2S,3S,4R)-5-[(5-amino-6-hydroxy-2-imino-2,3-dihydropyrimidin-4-yl)amino]-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl](hydroxy)methyl}phosphonic acid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Traditional IUPAC Name: | [(2S,3S,4R)-5-[(5-amino-6-hydroxy-2-imino-3H-pyrimidin-4-yl)amino]-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl](hydroxy)methylphosphonic acid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMILES: | [H]C(O)([C@@]1([H])OC([H])(NC2=C(N)C(O)=NC(=N)N2)[C@]([H])(O)[C@]1([H])O)P(O)(O)=O | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemical Taxonomy | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | belongs to the class of organic compounds known as glycosylamines. Glycosylamines are compounds consisting of an amine with a beta-N-glycosidic bond to a carbohydrate, thus forming a cyclic hemiaminal ether bond (alpha-amino ether). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kingdom | Organic compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Super Class | Organic oxygen compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Class | Organooxygen compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sub Class | Carbohydrates and carbohydrate conjugates | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Direct Parent | Glycosylamines | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alternative Parents |
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Substituents |
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Molecular Framework | Aromatic heteromonocyclic compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Descriptors | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Physical Properties | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
State: | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Charge: | 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Melting point: | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental Properties: |
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Predicted Properties |
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Biological Properties | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cellular Locations: | Cytoplasm | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reactions: | 2,5-Diamino-6-hydroxy-4-(5-phosphoribosylamino)pyrimidine + Hydrogen ion + Water > 5-Amino-6-(5'-phosphoribosylamino)uracil + Ammonium Guanosine triphosphate + 3 Water <> 2,5-Diamino-6-hydroxy-4-(5-phosphoribosylamino)pyrimidine + Formic acid +2 Hydrogen ion + Pyrophosphate + 2,5-diamino-6-hydroxy-4-(5-phospho-D-ribosylamino)pyrimidine Guanosine triphosphate + 3 Water <> Formic acid + 2,5-Diamino-6-hydroxy-4-(5-phosphoribosylamino)pyrimidine + Pyrophosphate 2,5-Diamino-6-hydroxy-4-(5-phosphoribosylamino)pyrimidine + Water + 2,5-diamino-6-hydroxy-4-(5-phospho-D-ribosylamino)pyrimidine <> 5-Amino-6-(5'-phosphoribosylamino)uracil + Ammonia Water + Guanosine triphosphate > Hydrogen ion + Pyrophosphate + 2,5-Diamino-6-hydroxy-4-(5-phosphoribosylamino)pyrimidine + Formic acid Water + 2,5-Diamino-6-hydroxy-4-(5-phosphoribosylamino)pyrimidine > 5-Amino-6-(5'-phosphoribosylamino)uracil + Ammonia Guanosine triphosphate + 3 Water > Formic acid + 2,5-Diamino-6-hydroxy-4-(5-phosphoribosylamino)pyrimidine + Pyrophosphate Guanosine triphosphate + Water > 2,5-Diamino-6-hydroxy-4-(5-phosphoribosylamino)pyrimidine + Hydrogen ion + Formic acid + Pyrophosphate Guanosine triphosphate + 3 Water <>2 2,5-Diamino-6-hydroxy-4-(5-phosphoribosylamino)pyrimidine + Formic acid +2 Hydrogen ion + Pyrophosphate +2 2,5-diamino-6-hydroxy-4-(5-phospho-D-ribosylamino)pyrimidine | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMPDB Pathways: |
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KEGG Pathways: |
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EcoCyc Pathways: |
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Concentrations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Not Available | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Spectra | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Spectra: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References: |
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Synthesis Reference: | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Material Safety Data Sheet (MSDS) | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Links | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Links: |
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Enzymes
- General function:
- Involved in GTP cyclohydrolase I activity
- Specific function:
- GTP + H(2)O = formate + 2-amino-4-hydroxy-6- (erythro-1,2,3-trihydroxypropyl)-dihydropteridine triphosphate
- Gene Name:
- folE
- Uniprot ID:
- P0A6T5
- Molecular weight:
- 24830
Reactions
GTP + H(2)O = formate + 2-amino-4-hydroxy-6-(erythro-1,2,3-trihydroxypropyl)-dihydropteridine triphosphate. |
- General function:
- Involved in GTP cyclohydrolase II activity
- Specific function:
- Catalyzes the conversion of GTP to 2,5-diamino-6- ribosylamino-4(3H)-pyrimidinone 5'-phosphate (DARP), formate and pyrophosphate
- Gene Name:
- ribA
- Uniprot ID:
- P0A7I7
- Molecular weight:
- 21836
Reactions
GTP + 3 H(2)O = formate + 2,5-diamino-6-hydroxy-4-(5-phospho-D-ribosylamino)pyrimidine + diphosphate. |
- General function:
- Involved in zinc ion binding
- Specific function:
- Converts 2,5-diamino-6-(ribosylamino)-4(3h)-pyrimidinone 5'-phosphate into 5-amino-6-(ribosylamino)-2,4(1h,3h)- pyrimidinedione 5'-phosphate
- Gene Name:
- ribD
- Uniprot ID:
- P25539
- Molecular weight:
- 40338
Reactions
2,5-diamino-6-hydroxy-4-(5-phosphoribosylamino)pyrimidine + H(2)O = 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil + NH(3). |
5-amino-6-(5-phospho-D-ribitylamino)uracil + NADP(+) = 5-amino-6-(5-phospho-D-ribosylamino)uracil + NADPH. |