IDP (ECMDB03335) (M2MDB000490)
Record Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Version | 2.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Creation Date | 2012-05-31 13:58:31 -0600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Update Date | 2015-06-03 15:54:22 -0600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary Accession Numbers |
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Identification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Name: | IDP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | IDP is an inosine nucleotide containing a pyrophosphate group esterified to the C5 of the sugar moiety. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms: |
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Chemical Formula: | C10H14N4O11P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Weight: | Average: 428.1859 Monoisotopic: 428.013430334 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InChI Key: | JPXZQMKKFWMMGK-VTHZCTBJSA-N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InChI: | InChI=1S/C10H14N4O11P2/c15-6-4(1-23-27(21,22)25-26(18,19)20)24-10(7(6)16)14-3-13-5-8(14)11-2-12-9(5)17/h2-4,6-7,10,15-16H,1H2,(H,21,22)(H,11,12,17)(H2,18,19,20)/t4-,6-,7-,10?/m1/s1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CAS number: | 86-04-4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IUPAC Name: | [({[(2R,3S,4R)-3,4-dihydroxy-5-(6-oxo-6,9-dihydro-3H-purin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl)oxy]phosphonic acid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Traditional IUPAC Name: | {[(2R,3S,4R)-3,4-dihydroxy-5-(6-oxo-3H-purin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy(hydroxy)phosphoryl}oxyphosphonic acid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMILES: | O[C@@H]1[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(O)=O)OC([C@@H]1O)N1C=NC2=C1NC=NC2=O | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemical Taxonomy | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | belongs to the class of organic compounds known as purine ribonucleoside diphosphates. These are purine ribobucleotides with diphosphate group linked to the ribose moiety. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kingdom | Organic compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Super Class | Nucleosides, nucleotides, and analogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Class | Purine nucleotides | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sub Class | Purine ribonucleotides | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Direct Parent | Purine ribonucleoside diphosphates | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alternative Parents |
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Substituents |
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Molecular Framework | Aromatic heteropolycyclic compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Descriptors | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Physical Properties | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
State: | Solid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Charge: | -3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Melting point: | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental Properties: |
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Predicted Properties |
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Biological Properties | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cellular Locations: | Cytoplasm | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reactions: | Water + Inosine triphosphate > Hydrogen ion + IDP + Phosphate Adenosine monophosphate + Inosine triphosphate <> ADP + IDP Adenosine triphosphate + IDP <> ADP + Inosine triphosphate Inosine triphosphate + Cytidine <> IDP + Cytidine monophosphate Inosine triphosphate + Uridine <> IDP + Uridine 5'-monophosphate Inosine triphosphate + D-Tagatose 6-phosphate <> IDP + D-Tagatose 1,6-bisphosphate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMPDB Pathways: | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
KEGG Pathways: |
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EcoCyc Pathways: | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Concentrations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Find out more about how we convert literature concentrations. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Spectra | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Spectra: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References: |
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Synthesis Reference: | Takada, Masao; Kashiwa, Kenichi. Nucleoside 5'-pyrophosphates. Jpn. Tokkyo Koho (1971), 3 pp. CODEN: JAXXAD JP 46021587 19710618 Showa. CAN 75:130076 AN 1971:530076 CAPLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Material Safety Data Sheet (MSDS) | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Links | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Links: |
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Enzymes
- General function:
- Involved in phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor
- Specific function:
- ATP + D-fructose 6-phosphate = ADP + D- fructose 1,6-bisphosphate
- Gene Name:
- pfkB
- Uniprot ID:
- P06999
- Molecular weight:
- 32456
Reactions
ATP + D-fructose 6-phosphate = ADP + D-fructose 1,6-bisphosphate. |
- General function:
- Involved in nucleoside diphosphate kinase activity
- Specific function:
- Major role in the synthesis of nucleoside triphosphates other than ATP. The ATP gamma phosphate is transferred to the NDP beta phosphate via a ping-pong mechanism, using a phosphorylated active-site intermediate
- Gene Name:
- ndk
- Uniprot ID:
- P0A763
- Molecular weight:
- 15463
Reactions
ATP + nucleoside diphosphate = ADP + nucleoside triphosphate. |
- General function:
- Involved in ATP binding
- Specific function:
- ATP + D-fructose 6-phosphate = ADP + D- fructose 1,6-bisphosphate
- Gene Name:
- pfkA
- Uniprot ID:
- P0A796
- Molecular weight:
- 34842
Reactions
ATP + D-fructose 6-phosphate = ADP + D-fructose 1,6-bisphosphate. |
- General function:
- Involved in ATP binding
- Specific function:
- ATP + uridine = ADP + UMP
- Gene Name:
- udk
- Uniprot ID:
- P0A8F4
- Molecular weight:
- 24353
Reactions
ATP + uridine = ADP + UMP. |
ATP + cytidine = ADP + CMP. |
- General function:
- Involved in GTPase activity
- Specific function:
- May play a role in 30S ribosomal subunit biogenesis. Unusual circulary permuted GTPase that catalyzes rapid hydrolysis of GTP with a slow catalytic turnover. Dispensible for viability, but important for overall fitness. The intrinsic GTPase activity is stimulated by the presence of 30S (160-fold increase in kcat) or 70S (96 fold increase in kcat) ribosomes (PubMed:14973029). The GTPase is inhibited by aminoglycoside antibiotics such as neomycin and paromycin (PubMed:15466596) streptomycin and spectinomycin (PubMed:15828870). This inhibition is not due to competition for binding sites on the 30S or 70S ribosome (PubMed:15828870)
- Gene Name:
- rsgA
- Uniprot ID:
- P39286
- Molecular weight:
- 39193
- General function:
- Involved in ATP binding
- Specific function:
- Catalyzes the reversible transfer of the terminal phosphate group between ATP and AMP. This small ubiquitous enzyme involved in the energy metabolism and nucleotide synthesis, is essential for maintenance and cell growth
- Gene Name:
- adk
- Uniprot ID:
- P69441
- Molecular weight:
- 23586
Reactions
ATP + AMP = 2 ADP. |
- General function:
- Involved in nucleoside-triphosphatase activity
- Specific function:
- Specific function unknown
- Gene Name:
- yjjX
- Uniprot ID:
- P39411
- Molecular weight:
- 18213
Reactions
A nucleoside triphosphate + H(2)O = a nucleoside diphosphate + monophosphate. |
Transporters
- General function:
- Involved in nucleoside diphosphate kinase activity
- Specific function:
- Major role in the synthesis of nucleoside triphosphates other than ATP. The ATP gamma phosphate is transferred to the NDP beta phosphate via a ping-pong mechanism, using a phosphorylated active-site intermediate
- Gene Name:
- ndk
- Uniprot ID:
- P0A763
- Molecular weight:
- 15463
Reactions
ATP + nucleoside diphosphate = ADP + nucleoside triphosphate. |